Es maestro en Ciencias Antropológicas con especialidad en Arqueología en la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH) y la Universidad Nacional Autónoma de México, además de ser fundador de la maestría en Arqueología en la ENAH. Es miembro honorario del Archeological Institute of America. Coordinó en 1978 el Proyecto Templo Mayor, mismo que continúa vigente, además de su trabajo en Comalcalco, Tepeapulco, Bonampak, Cholula, Coacalco y Tlatelolco, y coordinó los proyectos Tula y Teotihuacan.
Es profesor investigador emérito del Instituto Nacional de Antropología e Historia, además de miembro del Seminario de Cultura Mexicana, de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística, de la Sociedad de Antropólogos del Caribe, de la Asociación de Escritores de México, de la Academia Mexicana de la Historia y de El Colegio Nacional, entre otras instituciones. Ha impartido centenas de conferencias tanto en México como en el extranjero. En el INAH, a largo de 30 años ha impartido las cátedras de Arqueología General, Historia de la Arqueología, Seminario Regional Mexica, Laboratorio de materiales, entre otras. Ha sido maestro invitado en instituciones de diversos países como Francia, España, Estados Unidos, Puerto Rico.
De sus numerosas publicaciones, mencionamos las más destacadas como Teotihuacan, museo de sitio (1993); Muerte a filo de obsidiana (1975, 4ª ed. 1996);Vida y Muerte en el Templo Mayor (1986, 3ª ed. 1998); El Templo Mayor de Tenochtitlan (1988); Excavaciones en la catedral y el sagrario metropolitanos: programa de arqueología urbana (1999); Estudios mexicas (1999-2005) 5 vols.; El calendario azteca y otros monumentos solares (2005) en colaboración con Felipe Solís; Tenochtitlan (2006); Aztecas (2007); Teotihuacan (2009); La muerte entre los mexicas (2010).
En 2007 recibió el Premio Nacional de Ciencias y Artes y la Medalla Benito Juárez, por la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística. En 2017, el doctor honoris causa de la Universidad Autonóma Metropolitana y en 2022 le fue otrogado el Premio Princesa de Asturias de Ciencias Sociales. Otras distinciones que ha recibido, principalmente en el extranjero: Chevalier dans l’Ordre des Palmes Académiques,Ministère des Universités, Republique Française;Chevalier de l’Ordre National du Mérite,Republique Française;Officier de l’Ordre des Arts et des Lettres, Ministre de la Culture, Republique Française; Socium ab Epistolis, Institutum Archaeologicum Germanicum; Orden Andrés Bello; Doctor of Sciences Honoris Causa, University of Colorado; miembro honorario del Archaeological Institute of America; profesor de investigación científica emérito del INAH, y Medalla Henry B. Nicholson, por la Harvard University.
La Universidad de Harvard creó la Cátedra "Eduardo Matos Moctezuma Lecture Series".
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