Fernando Fernández es licenciado en Lengua y Literaturas Hispánicas por la Universidad Nacional Autónoma de México. Tuvo la Beca Salvador Novo y fue becario del Centro Mexicano de Escritores. En la década de 1990 fundó y dirigió la revista Viceversa. 

Es el principal conocedor de la vida y la obra de Gerardo Deniz, uno de los principales poetas del exilio español en México, y es uno de los más importantes investigadores contemporáneos de la vida y la obra del poeta Ramón López Velarde, al que ha dedicado los libros Ni sombra de disturbio (2014) y La majestad de lo mínimo (2021). 

Es autor de los libros de poesía El ciclismo y los clásicos (1990), Ora la pluma (1999), Palinodia del rojo (2010), Chirimoya (2016), Oscuro escarabajo (2018) y 3, 4 poemas (2020), y de ensayo literario Contra la fotografía de paisaje (2014) y Viaje alrededor de mi escritorio (2020). 

Entre 2002 y 2006 vivió en Oviedo, la capital del Principado de Asturias, donde estudió la emigración española a México, específicamente la asturiana, anterior a la Guerra Civil. El resultado es su ensayo narrativo Oriundos, publicado en 2018. Su libro más reciente es Almas flexibles (2021), una crónica en primera persona sobre el contagio del Covid-19 y sus consecuencias.

Conduce un programa sobre libros en una estación del Instituto Mexicano de la Radio (IMER), en el que ha entrevistado a centenares de editores, escritores, diseñadores y periodistas a propósito de las principales novedades editoriales del país, y anima un blog, Siglo en la brisa, en el que publica crónicas y ensayos sobre temas de literatura, arquitectura, música, botánica y fotografía.

Es miembro titular del Seminario de Cultura Mexicana. 

En junio de 2022 recibió el XXV Premio Iberoamericano Ramón López Velarde.