Ambas formas son correctas: Estaba en donde quedamos de vernos y Estaba donde quedamos de vernos.
Para indicar estado o situación ("lugar en donde"), es opcional el uso de la preposición en ante el relativo donde, aunque, cuando no hay antecedente, suele ser más frecuente la ausencia de preposición: Ponlo donde quieras / Ponlo en donde quieras; La habitación en donde duermo es pequeña / La habitación donde duermo es pequeña.