El Diccionario breve de mexicanismos, de Guido Gómez de Silva registra 4 variantes de este término: chipotle, chipocle, chilpotle y chilpocle. Esta voz procede del náhuatl chilpoctli (raíz que mantiene la idea implícita de 'chile ahumado': chili = chile + poctli = ahumado) que significa 'variedad de chile cuyo fruto es más pequeño que el chile mulato, de color rojo ladrillo y en cocina se usa seco'. Es importante señalar que tanto chipotle como chilpotle y las otras dos variantes son correctas y sólo difieren en cuanto a su frecuencia de uso.